A ideia de promover um evento relacionado à Biomedicina surgiu durante conversas informais entre amigos, ainda na graduação, do curso de Ciências Biológicas - Modalidade Médica, no Instituto de Biociências de Botucatu (IB). Após muito trabalho, e com o apoio do IB e de docentes da UNESP, foi possível realizar o 1º Encontro Regional de Biomedicina (ERBM) em outubro de 1998. Para essa 1ª edição do Encontro, eram esperados aproximadamente 150 participantes, porém houve a participação de mais de 300 congressistas, superando as expectativas dos organizadores.
O sucesso da 1ª edição motivou a organização dos próximos ERBMs. Mantendo a ideia principal de atualizar e divulgar conhecimentos, e com o intuito de transmiti-los com maior profundidade, além de palestras, foram realizados cursos que abordavam temas de maior interesse para os biomédicos. As edições seguintes foram prestigiadas por participantes vindos de diversas regiões e renomadas instituições.
Devido à abrangência atingida pelo ERBM em todo o território brasileiro, surgiu uma incompatibilidade entre o nome "regional" e a verdadeira aceitação nacional do Encontro. Assim, em 2009, o ERBM passou a ser chamado Encontro Nacional de Biomedicina (ENBM) e desde então conta com um público crescente a cada nova edição.
A Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho", UNESP é uma das maiores e mais importantes universidades brasileiras, com destacada atuação no ensino, na pesquisa e na extensão de serviços à comunidade. Mantida pelo Governo do Estado de São Paulo, é uma das três universidades públicas de ensino gratuito. Criada em 1976, a partir dos Institutos Isolados de Ensino Superior que existiam em várias regiões do Estado de São Paulo, a UNESP tem hoje 33 unidades em 23 cidades.
O campus da UNESP em Botucatu está localizado em ponto estratégico, no centro do Estado de São Paulo. Este oferece vários cursos de graduação e pós-graduação nas áreas de biomédicas, veterinária, zootécnica e agrárias e é o maior entre os campi da UNESP.
O Instituto de Biociências (IB) do campus de Botucatu teve sua origem na então Faculdade de Ciências Médicas e Biológicas (FCMBB) e foi incorporado pela UNESP. A partir de então, a FCMBB foi desmembrada em quatro unidades, que passaram a compor o quadro de unidades universitárias de Botucatu, entre elas o Instituto Básico de Biologia Médica e Agrícola (IBBMA), que a partir de 20 de outubro de 1987 passou a denominar-se Instituto de Biociências de Botucatu. Atualmente, o IB oferece 5 cursos de graduação e conta com 13 departamentos de ensino.
O IB aparece como indispensável ao ENBM, contando com o auxílio de professores, funcionários e espaços que permitem a realização do Encontro.